Ihre Gründung wurde 1618 testamentarisch festgelegt von Kaiserin Anna. Der Bau begann [1622] und dauerte 11 Jahre. Nach der Fertigstellung in dem Jahr 1633 wurden die Särge von Kaiserin Anna und ihrem Gemahl Kaiser Matthias in die Gruft überführt.

Die letzte Bestattung war die von Zita von Bourbon-Parma, der Frau von Karl I. in dem Jahre 1989.

Kapuzinergruft (Detail)

Kaiser Ferdinand III. gab den Auftrag zur Erweiterung der Gruft. Dadurch schuff er die Grundlage zu dem Ausbau der Kaisergruft zu einer Erbbegräbnisstätte der Familie Habsburg. Insgesamt wurde die Gruft 8 mal erweitert, heutzutage liegen in der Kaisergruft 12 Kaiser, 19 Kaiserinnen und viele weiter Mitglieder der Familie Habsburg.

Zu der Begräbniszeremonie der Habsburger gehörte es Körper, Eingeweide und Herz getrennt zu bestatten. Das Herz wird in der Herzgruft in der Augustinerkirche und die Eingeweide in den Katakomben des Stephansdoms bestattet.

Der letzte Habsburger bei dem so eine getrennte Bestattung durchgeführt wurde, war Erzherzog Franz Karl , der Vater von Franz Joseph I..

Ebenso ein interessanter Teil des Begräbnisrituals war es, den Einlass in die Gruft zu erbitten. Der Trauerzug hat vor der verschlossenen Tuer der Gruft angehalten. Daraufhin trat ein Herold vor und klopfte an das Tor. Darauf fragt jemand von drinnen: "Wer begehrt Einlaß?". Der Herold antwortet: "Der Kaiser". Die Tür bleibt jedoch zu. Daraufhin klopft der Herold nocheinmal. Wieder fragt jemand: "Wer begehrt Einlaß?". Diesmal antwortet der Herold: "Der König". Doch die Tür bleibt noch stets zu. Der Herold klopft ein drittes mal, es wird wieder dieselbe Frage gestellt. Nun antwortet der Herold: "Ein armer Sünder". Daraufhin öffnet sich das Tor.

• http://www.aeiou.at/aeiou.encyclop.k/k122358.htm
• http://www.kaisergruft.at